Instituttets forskning er translationel og placeret i krydsfeltet mellem basal sundhedsforskning og klinik/industri. Målet er at skabe ny viden, som kan bruges til forebyggelse og behandling af sygdomme som f.eks. diabetes, hjertekarsygdomme, fedme og kræft.
Institut for immunologi og mikrobiologi (ISIM)
Instituttets forskning er fokuseret på immunologi og mikrobiologi, herunder hud- og øjenforskning og forskning i parasitologi, virologi og biofilm. ISIM er ansvarlig for uddannelse i immunologi og mikrobiologi på forskellige kurser på fakultetet og består af syv sektioner samt to centre, herunder LEO Foundation Skin Immunology Research Center.
Institut for klinisk medicin (IKM)
Instituttet bidrager gennem undervisning, forskning og vidensformidling til præ- og postgraduat uddannelse af især lægevidenskabelige kandidater i Østdanmark. Hovedparten af IKM's undervisning og forskning udføres i de kliniske miljøer med stor spredning geografisk og fagligt. IKM indgår i Københavns Universitetshospital - et organisatorisk samarbejde mellem KU, Region Hovedstaden og Region Sjælland.
Institut for klinisk veterinærmedicin (IKV)
IKV uddanner fremtidens dyrlæger til et professionelt arbejdsliv med udgangspunkt i forskningsbaseret veterinærklinisk undervisning på højt internationalt niveau. Forskningen bidrager til ny diagnostik og state-of-the-art-behandling for at fremme sundhed og velfærd og være til gavn for det enkelte dyr, dyrepopulationer og mennesker. IKV driver Universitetshospitalet for Familiedyr og Universitetshospitalet for Store Husdyr.
Institut for veterinær- og husdyrvidenskab (IVH)
IVH arbejder for sundhed og velfærd for dyr og mennesker i en verden under forandring. Missionen er at levere forskning samt forskningsbaseret uddannelse og myndighedsbetjening fokuseret på forståelsen af sundhed, velfærd og sygdom hos dyr og de udfordringer, der opstår i samspillet mellem dyr og mennesker. IVH udgør sammen med Statens Serum Institut Dansk Veterinær Konsortium under Fødevareministeriet.